Структура сайта – это состав разделов, их иерархия и связи между ними: что находится на верхнем уровне, что вложено внутрь, как разделы связаны переходами и по какому пути пользователь добирается до нужной страницы. Структура определяется до дизайна и переживает несколько редизайнов: поменять оформление проще, чем перестроить разделы, на которые уже стоят ссылки и накоплена история в поиске.
Ошибка, которая встречается чаще других, – собирать структуру от того, что есть у компании: список товаров, список услуг, "о нас", "контакты". Такой сайт зеркалит внутреннее устройство бизнеса, а не задачи клиента, и человек вынужден догадываться, в каком разделе искать ответ.